Kapitel eins bis sechzig von Yu-Gi-Oh! von Kazuki Takahashi läuft rein Wöchentlicher Shonen-Sprung Magazin detailliert die verdrehten Clive Barker-artigen Horrorszenarien des Schattenspiels. Während der Manga anfangs auf Kinder ausgerichtet war, Yu-Gi-Oh! war viel mehr ein Horror-Manga als das kinderfreundliche Abenteuer, zu dem es sich entwickelt hat. Das erste Kapitel beschreibt, wie Pharao Atem Yugi besessen hat, nachdem der Protagonist das Millennium-Puzzle gelöst hat, das ihm sein betrügerischer Großvater gegeben hat. Nachdem der Bindungsprozess abgeschlossen war, wurde Dark Yugi geboren, der denen, die ihm oder seinen Freunden Unrecht getan hatten, grausame Gerechtigkeit widerfuhr.
Die erste bemerkenswerte Bestrafung durch den Zorn des Pharaos kam in Kapitel drei, als ein Tyrann namens Sozoji anfängt, Kinder in der Schule unter Druck zu setzen, zu seinen nächtlichen Karaoke-Shows zu kommen, mit der Androhung körperlicher Gewalt, wenn sie sich weigern. Als Sozoji Yugis Wege kreuzt, wird der Tyrann zu einem Schattenspiel herausgefordert, das den Gegensatz zu dem erfordert, was Sozoji schwächere Kinder ertragen muss. Das Spiel ist einfach, Yugi und Sozoji sitzen in einem Raum und der erste, der ein Geräusch macht, verliert. Aufgrund des Stresses der Situation erhöht sich Sozojis Herzschlag und macht genug Lärm, um ihm einen Verlust mit schlimmen Folgen einzubringen. Die grausamen Folgen des Schattenspiels werden voll zur Schau gestellt und Sozoji wird von dem immer stärker werdenden Geräusch seines eigenen Herzschlags als Buße für seine frühere Gemeinheit verrückt.
Ein weiteres Opfer von Yugis grausamer und wohl ungerechter Gerechtigkeit ist ein Charakter, mit dem Fans sowohl des Mangas als auch des Anime vertraut sind. Seto Kaiba, der im Anime als anmaßender Millionär und Besitzer der begehrten und weithin bekannten Blue Eyes White Dragon-Karte vorgestellt wird, wird im Manga ähnlich, aber mit einer Wendung vorgestellt. Kaiba hat Yugi und seinem Großvater Blue Eyes White Dragon gestohlen, also fordert Dark Yugi Kaiba zu einem Spiel heraus, nicht von Duel Monsters wie im Anime, sondern in dem viel unheimlicheren Shadow Game. Kaiba verliert das Schattenspiel und seine Seele wird in einer Duell-Monster-Karte gefangen, um von den auf der Karte abgebildeten Kreaturen für alle Zeit verschlungen zu werden.
Sobald Duel Monsters zum Hauptaugenmerk der Manga-Serie wird, werden die Bücher weniger düster und mehr im Einklang mit dem Anime, der das Monster-zentrierte Kartenspiel adaptierte und das schreckliche Schattenspiel aufgab. Während der Horror-Manga-Phase der Serie für ungefähr die ersten sechzig Kapitel beweist Yugi, dass er im Grunde genommen böse ist und tötet sogar einige vorübergehende Schurken der Woche, abgesehen von der zuvor erwähnten traumatischen Folter. Während Yugi als das Paradebeispiel eines Anime-Protagonisten bekannt wurde, war er im Original ein direkter Bösewicht Yu-Gi-Oh! Manga.