„The Final Decision“ der ersten Staffel und „Descent“ der fünften Staffel konzentrieren sich auf Bolivar Trask bzw. Mister Sinister, zwei Bösewichte, die sich bereits in der Serie bemerkbar gemacht haben X-Men ’97. In „The Final Decision“ kämpft das Team gegen Trasks Master Mould, ein Kampf, der zu einem massiven Sinneswandel bei der bigotten Senatorin Kelly führt. „Descent“ spielt im viktorianischen England, wo der Genetiker Nathanial Essex auf der Jagd nach Jack the Ripper mit dem Vorfahren von Professor X, James Xavier, in Konflikt gerät. Essex verliert, als seine Frau Rebecca Grey, die Ururgroßmutter von Jean Grey, seine abscheulichen Experimente enthüllt, die ihn dazu bringen, Mister Sinister zu werden.
Aber die fesselnderen Handlungsstränge finden sich in den von De Mayo erwähnten Zweiteilern. In „Sanctuary“ aus der dritten Staffel errichtet Magneto eine neue Basis im Weltraum, genannt Asteroid M, wo er und seine neue Gruppe von Anhängern, die Acolytes, niedergeschlagene Mutanten willkommen heißen. Und doch, als Fabian Cortez von den Acolytes Magneto tötet und den X-Men die Schuld für den Angriff gibt, befürchtet Xavier, dass sein Traum tatsächlich gestorben ist.
Die Episode „One Man’s Worth“ der vierten Staffel hat eine noch bemerkenswertere Geschichte, da sie inspirierte Zeitalter der Apokalypse, einer der beliebtesten Comic-Handlungsstränge der 1990er Jahre. Als die zeitreisenden Bösewichte Trevor Fitzroy und Nimrod Xavier töten, lange bevor er die X-Men finden kann, hat die Erde keine Verteidigung gegen die Apokalypse. In der neuen Gegenwart kämpfen eine völlig andere Version der X-Men und die Avengers, während Bishop und seine Schwester Shard versuchen, die Dinge in Ordnung zu bringen.
Mit anderen Worten: Diese Handlungsstränge verheißen nichts Gutes für die X-Men. Alte Rivalitäten haben sich in der ersten Staffel von abgekühlt X-Men ’97, wobei Magneto das Team leitet, während Xavier mit dem Sh’iar-Imperium den Weltraum erkundet. Magneto schien bei dem Master-Mold-Angriff zu sterben, der Genosha zerstörte und mehrere Mutanten, darunter Gambit, tötete, aber die jüngste Episode enthüllte, dass der Master of Magnetism noch lebte, obwohl er von Bastion gefangen genommen wurde.
Das Chaos auf der Erde hat Xavier erreicht und treibt ihn sicherlich zurück zur Erde. Aber da Bastions Operation Zero Tolerance in der Lage ist, aus ihm und Mister Sinisters ehemaligem Gefangenen Bolivar Trask Prime Sentinels zu machen, ist Magnetos letztendliche Freiheit möglicherweise nicht das, was sie scheint.
Darüber hinaus erfolgt all dies nach der schockierendsten Zurechtweisung von Professor Xs Traum vom friedlichen Zusammenleben von Mutanten und Menschen. Als die Mutanten auf der Insel Genosha ihr eigenes Land gründeten, schien die Menschheit darauf zu reagieren, indem sie die Insel zerstörte und Völkermord an Menschen verübte, die nichts gegen sie unternahmen.