Naruto X Boruto Ultimate Ninja Storm Connections hat seinen Spielern angesichts der verschiedenen Spielmodi, die sie ausprobieren können, viel zu bieten. Von Online-Gameplay, Turnieren und Überlebensmodi bis hin zu erzählerischeren Modi wie „History“ und „Special Story“ gibt es viel zu entdecken. In diesen Erzählmodi gibt es Bosskämpfe, die die Spieler durchspielen können.