Genau wie in den vorherigen Pikmin Bei Spielen spielen Zwiebeln eine sehr wichtige Rolle Pikmin 4. Es gibt zwei verschiedene Arten von Zwiebeln im Spiel: farbige Zwiebeln und Flarlic. Mit farbigen Zwiebeln können Spieler neue Pikmin-Arten anbauen und ernten, wobei die Farbe der Zwiebel bestimmt, welche Pikmin-Art freigeschaltet wird. Flarlic hingegen wird verwendet, um die maximale Anzahl an Pikmin zu erhöhen, die Spieler zu einem bestimmten Zeitpunkt verwenden können.