Marvels Spider-Man 2 enthält mehrere neue Mechaniken, die das Spiel von seinen Vorgängern unterscheiden, wie zum Beispiel Netzflügel zum Durchqueren oder die Einbeziehung von Symbiontenfähigkeiten für Peter Parker. Das Spiel reduziert zwar die Anzahl der verfügbaren Gadgets aus früheren Einträgen und verzichtet zugunsten eines optimierten Systems auf das Auswahlmenü des Gadget-Rads, fügt aber einen neuen Gegenstand hinzu, der die Tarnung erheblich verbessern kann.