Um es kurz zusammenzufassen: Mehrere Fraktionen aus dem 28. und 31. Jahrhundert hatten, bewaffnet mit geschmuggelten Zeitreisegeräten, die Geschichte heimlich zu ihrem eigenen Vorteil manipuliert. Da es diesen Fraktionen gerichtlich verboten war, selbst Misshandlungen mit der Kausalität zu betreiben, nahmen sie im 22. Jahrhundert Kontakt zu verschiedenen Akteuren auf und manipulierten sie, um im Namen der Fraktionen Terrorakte zu begehen. Die Suliban hatten den oben erwähnten schattenhaften Wohltäter, aber es gab auch eine mysteriöse Spezies von Sphärenbauern, die schreckliche Massenvernichtungswaffen konstruierten. Die Sphärenbauer wussten von einer zukünftigen Zeitlinie im 26. Jahrhundert, in der sie von den Kräften der Erde besiegt werden würden, was sie in die Vergangenheit der Erde führen würde, um sich einen taktischen Vorteil zu verschaffen. Sie nutzten eine Spezies namens Xindi, um Florida zu zerstören, und beabsichtigten, schließlich die gesamte Erde zu zerstören.
Captain Archer (Scott Bakula) wurde von einem seiner eigenen Enterprise-Besatzungsmitglieder, einem Mann namens Daniels (Matt Winston), auf den Temporalen Kalten Krieg aufmerksam gemacht. Daniels war ein getarnter Zeitagent und gab Archer einen Einblick in die Schlachten, die in einem Jahrtausend stattfinden würden. Wollten Sie schon immer wissen, was die Enterprise-J sieht aus wie?
Die gesamte Zeitreisehandlung war zu kompliziert, um sie zu verfolgen, und für die meisten Trekkies nicht besonders interessant. Braga erinnerte sich, dass die gesamte Idee das Ergebnis eines Studioauftrags war und dass „Enterprise“ in Handlungsstränge gezwungen wurde, die nicht unbedingt gerechtfertigt waren. Er sagte:
„Wir wollten einen neuen Weg, die Dinge anzugehen, und die Show entsprach nicht wirklich unseren Absichten. Ich gebe nicht dem Studio die Schuld, denn ich weiß nicht, ob sie richtig oder falsch waren, aber ich weiß es.“ dass wir nicht wirklich das „Prequel“ gemacht haben, wie wir es wollten. Der gesamte Temporale Kalte Krieg wurde ins Spiel gebracht, weil sie verlangten, dass etwas Futuristisches darin sein sollte.“