Da Alia den ganzen Film über noch im Mutterleib beschäftigt ist, muss Paul, der von seiner wahren Abstammung erfahren hat, den Todesstoß versetzen. Während des Angriffs auf Arrakeen stürmt Paul in den Raum, in dem sich der Kaiser und die Harkonnens treffen, und ersticht den Baron tödlich. „Großvater“, sagt er, „Du stirbst wie ein Tier.“ Es ist ein kalter Moment, auch weil es nicht so aussieht, als ob der Baron überhaupt wüsste, dass er Pauls Großvater war. Er hat diese bahnbrechende Information erhalten und hat dann etwa fünf Sekunden Zeit, sich damit abzufinden, bevor das Leben seine Augen verlässt. Es ist immer noch mehr Zeit, als Alia ihm gegeben hat, denn in den Büchern tötet ihn ihr Gom Jabbar fast augenblicklich.
Die Art und Weise, wie sich der Kaiser gegen ihn wandte, bevor Paul hereinstürmte, verleiht dem Tod des Harkonnen im Film noch mehr Demütigung. Der Kaiser gab einem seiner Sardaukar-Wächter ein Zeichen, das Schwimmgerät des Barons sowie den Atemtank, an den er angeschlossen war, zu zerstören. Selbst wenn sein Enkel ihn nicht getötet hätte, schien es für den Baron sowieso nicht so, als ob es ihm gut gehen würde. In gewisser Weise macht dies seinen Tod etwas gnädiger als die Version im Buch: Als das Buch Alia ihn plötzlich tötete, waren die politischen Aussichten des Barons nicht ganz so düster.
Es ist nicht allzu überraschend, dass der Film den Tod des Barons veränderte, da seine Todesszene bei weitem nicht so denkwürdig war wie der Tod von Leto oder Feyd-Rautha von Jamis. So cool und plötzlich Alias Tötung des Barons auch war, für einen so gebildeten Charakter war es dennoch etwas enttäuschend. Buchfans haben keine große Bindung an die Art und Weise, wie diese Szene ablief, daher ist es für Denis Villeneuve keine große Sache, daran herumzubasteln.