„Code Geass: Lelouch of the Rebellion“ spielt in einer alternativen Geschichte, jedoch ohne einen einzigen Divergenzpunkt. In der „CG“-Zeitleiste hat Großbritannien die Amerikanische Revolution niedergeschlagen. Einige Jahrzehnte später gelang es Napoleon jedoch, die britischen Inseln erfolgreich einzunehmen. Daher flohen die Royals in die amerikanischen Kolonien, die zur neuen Heimat des „Heiligen Britannien Empire“ wurden. In den 2010er Jahren haben die Briten Mechs namens Knightmares erfunden (dieses Ist ein Anime) und eroberte ein Drittel der Welt. Lelouch, ein nach Japan verbannter britischer Prinz, führt als maskierte „Zero“ eine Rebellion an.
Die Britannier sind praktisch eine Parodie auf den westlichen Imperialismus – in Staffel 2 entwickeln sie ein Nuklearanalogon, die Field Limitary Effective Implosion Armament (FLEIJA). Selbst in einer Zeitlinie, die von unserer eigenen nicht wiederzuerkennen ist, wird die Menschheit immer die Fähigkeit entwickeln, sich selbst zu zerstören. Der Ort der ersten FLEIJA-Demonstration war ebenfalls Tokio, das nicht nur zu radioaktiver Kruste verbrannt, sondern vollständig verdampft wurde.
Lelouch übernimmt im Rahmen eines komplexen Plans zur Herbeiführung des Weltfriedens (indem er sich selbst zum Bösewicht macht, den es zu besiegen gilt) die Kontrolle über eine orbitale FLEIJA-Startbasis namens Damocles. Mit dieser Macht erklärt er sich selbst zum Kaiser der Welt. Wie in der Realität können Mächte mit Massenvernichtungswaffen andere Nationen zur Einhaltung zwingen. Zum Happy End nach Lelouchs Tod gehört, dass Damokles zusammen mit den verbliebenen FLEIJA-Sprengköpfen in die Sonne driftet. Anders als in der realen Welt wird der Atomgeist zurück in seine Flasche gesteckt, wo er die ganze Zeit hätte bleiben sollen.