In „Space Seed“ versuchte Khan, die Enterprise zu übernehmen, da er die Gelegenheit sah, seine alten Gewohnheiten zur Eroberung der Nation wieder aufzunehmen. Kirk und Spock überlisten ihn, schlagen sein genetisch verbessertes Gefolge nieder und entreißen die Kontrolle über das Schiff zurück. Anstatt Khan jedoch für sein Fehlverhalten zu bestrafen, stellt Kirk dem Bösewicht ein Ultimatum: Kann er irgendwo auf einem unbewohnten Planeten die ideale Gesellschaft schaffen, von der er immer geträumt hat? Khan nimmt die Herausforderung an und wird auf einem Planeten namens Ceti Alpha V zurückgelassen, um seine Meistergesellschaft aufzubauen. Khan war außer Sichtweite und außer Sinn.
Bis zur Veröffentlichung von „Star Trek II: Der Zorn des Khan“ im Jahr 1982. Im Film wurde enthüllt, dass Ceti Alpha V kurz nach Khans Ankunft eine gewaltige Naturkatastrophe erlebte, die es in eine unwirtliche Wüstenwelt verwandelte. Jahrzehntelang lebten Khan und sein Gefolge zusammengepfercht auf einem Schiff, überlebten kaum und waren zunehmend damit beschäftigt, sich an Kirk zu rächen. Im Laufe von „Star Trek II“ kapert Khan ein Sternenflottenschiff namens USS Reliant und macht sich auf die Jagd nach Kirk, dem heutigen Admiral. Kirk durchlebt unterdessen eine Midlife-Crisis, in der er endlich mit den Folgen mehrerer vergessener Verfehlungen konfrontiert wird. Khan ist die Personifizierung von Kirks Geistesabwesenheit; Er machte sich nie die Mühe, nach Khan zu sehen.
Die landläufige Meinung besagt üblicherweise, dass „Star Trek II: Der Zorn des Khan“ der beste der 13 existierenden „Star Trek“-Filme ist. Montalbán bringt einen herrlichen, melodramatischen Schwung in seine Darbietung, der das Publikum begeistert und Shatners gelegentliche Tendenz, Kirk als überlebensgroß darzustellen, geschickt ausgleicht. Er ist ein großartiger „Star Trek“-Bösewicht.
Aber das ist dann ein Problem. Seit wann ging es in „Star Trek“ um „Helden“ und „Bösewichte“? Seit 1982, so scheint es. Normalerweise ist Trek moralisch nuancierter.