Eccleston wurde gebeten, zum 50-jährigen Jubiläum zurückzukehren Doctor Who Die Sondersendung „The Day of the Doctor“, in der sich der frühere Doktor David Tennant dem damaligen Doktor Matt Smith anschloss, sowie ein besonderer Cameo-Auftritt des Vierten Doktors Tom Baker in der Rolle „The Curator“.
„Ich wurde nach der Episode zum 50-jährigen Jubiläum gefragt und sie wurde von Steven Moffat geschrieben, also war ich offensichtlich wirklich interessiert“, erzählte Eccleston. „Aber als ich das Drehbuch las, hatte ich das Gefühl, dass es im Grunde nur ich selbst, Matt und Dave waren, die sich darüber lustig machten, dass wir früher die Ärzte waren. Ich persönlich hatte nicht das Gefühl, dass die Erzählung stark genug war, insbesondere für den Neunten Doktor, weil ich bei meiner Abreise in meinem eigenen Land ziemlich viele Misshandlungen erlitten hatte. Während die Show gefeiert wurde, wurde ich in der Presse beschimpft, und das war schwer zu ertragen. Und sehr verwirrend. Also schaute ich es mir an und dachte: „Will ich wirklich so zurückkommen?“ Und ich habe entschieden, dass das nicht der Fall ist.“
Ohne Eccleston würde das Projekt mit der Besetzung von John Hurt als „Kriegsdoktor“ fortfahren, eine Rolle, die sich vermutlich erst später im Drehbuchentwicklungsprozess ergab. Eccleston lobte das Endergebnis.
„Ich habe viele Drehbücher gelesen, daher verstehe ich die Stärken von Drehbüchern, und mir wurde der neue Entwurf geschickt, der ohne mich und mit dem verstorbenen, großartigen und einem meiner großen Helden John Hurt war“, sagte Eccleston. „Ich fand das Drehbuch einfach makellos. Und ich denke, es hat den Kanon von erweitert Doctor Who auf eine Weise, die ich bei meiner Rückkehr nicht tun würde. Ich denke, dass „The War Doctor“ eine brillante Umsetzung der Fantasie von Steven Moffat war, und ich habe es genossen, ihm dabei zuzusehen.“
Eccleston äußerte sich während der Podiumsdiskussion mehrfach positiv über Moffats Fähigkeiten als Autor und nannte seinen Zweiteiler der ersten Staffel „The Empty Child“ und „The Doctor Dances“, den Moffat während der Davies-Ära schrieb, seine liebsten Episoden zum Filmen.
„Sie wurden von Steven Moffat geschrieben und ich hatte das Gefühl, wirklich zu verstehen, was er vom Doktor wollte“, sagte Eccleston. „Ich war mir nie so sicher, was Russell wollte. Was ich bei Russell sehen konnte, war genau das, was er von Rose wollte, Billie Piper, ich denke, das war seine Stärke. Ich denke, dass Stevens Schreiben über den Doktor, bzw. meinen Doktor, wirklich ein Geschenk für mich war.“