Die Rivalität zwischen Kapitän Amerika und Ironman erreichte seinen absoluten Höhepunkt im Crossover-Event Marvel Comics Bürgerkrieg, aber obwohl die beiden Helden buchstäblich aneinandergerieten, konnte Captain America Iron Man schließlich seine Taten verzeihen. Die Ereignisse des Bürgerkriegs waren etwas, das beide Helden auf lange Sicht bereuten, nachdem sie zurückblickten und erkannten, dass sie bei allem Bösen auf der Welt nicht hätten gegeneinander kämpfen sollen. Tonys Bedauern über den Bürgerkrieg hatte jedoch einige potenziell gefährliche Auswirkungen. Iron Man war in der Lage, die Bedrohung durch seine eigene Schöpfung zu neutralisieren, und dieser Moment des heroischen Opfers reichte aus, um ihm die Vergebung von Captain America zu verdienen.
Anfangen Unbesiegbarer Ironman #9 die die Storyline „World’s Most Wanted“ von Matt Fraction und Salvador Larroca auslöste, mit deren Folgen Tony Stark immer noch zu kämpfen hat Bürgerkrieg, und die Informationen über die Identitäten von Superhelden, die unter dem Superhuman Registration Act gesammelt wurden, dem Gesetz, das das Ganze auslöste Bürgerkrieg Veranstaltung. Zum Zeitpunkt der Ausgabe ist Norman Osborn alias Green Goblin der Direktor von SHIELD und er ist hinter der übermenschlichen Registrierungsliste für seine eigenen schändlichen Zwecke her. Iron Man glaubt, dass es am besten ist, diese Liste dort zu speichern, wo niemand außer ihm darauf zugreifen kann, in seinem eigenen Kopf. Sicher in seinem Gehirn gespeichert, wurde Iron Man zum alleinigen Beschützer der Identität unzähliger Helden, aber selbst das reichte nicht aus, um ihre Sicherheit zu gewährleisten, also beschloss Iron Man, die Datei dauerhaft zu löschen und sich dabei umzubringen.
Die Löschung der übermenschlichen Registrierungsliste führte zum offensichtlichen Tod von Iron Man, aber der Held blieb nicht tot. Stattdessen wurde das Gehirn von Iron Man lediglich bis zu einem Punkt vor dem neu gestartet Bürgerkrieg Ereignis, wodurch der Charakter mit intaktem Heldentum und all den schurkischen Grenzaktionen, die er währenddessen unternahm, effektiv neu gestartet wurde Bürgerkrieg aus seiner Vergangenheit gelöscht. Während Iron Man selbst nicht starb, war die Version von ihm, die mit Captain America uneins war, im Grunde genommen tot und hinterließ nur die heroische Version von Tony, mit der Steve ursprünglich zusammenarbeitete, als er zu den Avengers kam. Da Iron Man bereit war, sein eigenes Leben für die Sicherheit anderer zu opfern, und die Version von ihm, die danach übrig blieb, nicht derselbe Mann war wie sein Feind im Bürgerkrieg, konnte Captain America Iron Man vergeben, und die beiden wurden es schnell Superhelden-Partner wieder einmal.
Während Iron Man seinen Heldenmut bewies und dann seinen Charakter auffrischte, war der Hauptgrund für Captain Americas Vergebung, aber es war sicherlich nicht der einzige. Am Ende von Bürgerkrieg, Captain America wurde scheinbar ermordet, obwohl die Fans bald merkten, dass sein Bewusstsein nur durch die Zeit gewirbelt wurde und einige seiner größten Konflikte wiedererlebte. Während seiner Zeitreise-Abenteuer wurde Captain America kopfüber in die bösesten und finstersten Bedrohungen geworfen, denen er je begegnet war, darunter Red Skull und buchstäbliche Nazi-Soldaten. Als Cap schließlich seinen derzeitigen Körper einholte und effektiv wieder zum Leben erweckt wurde, hatte er eine viel bessere Perspektive, wer seine Feinde wirklich sind und wer nicht.
Captain America gewann danach an Perspektive Bürgerkrieg und erkannte, dass Iron Man nicht sein Feind ist, der sich vorwärts bewegt. Außerdem bewies die Selbstaufopferung von Iron Man, dass er reumütig und des Neuanfangs würdig war, den er erhielt. Kapitän Amerika konnte Iron Man schließlich die Ereignisse von vergeben Bürgerkrieg nach intensiver Selbstbeobachtung und nach dem Sehen, wie Ironman war buchstäblich ein veränderter Mann.