The Teenage Mutant Ninja Turtles: The Cowabunga Collection hat seinen ersten Patch erhalten, und es ist ein kräftiger. Die Hauptattraktion der Veröffentlichung ist die Online-Multiplayer-Unterstützung für Teenage Mutant Ninja Turtles IV: Turtles in Time und eine anpassbare Tastenbelegung.
Für Game Boy-Spiele hat der Entwickler Digital Eclipse außerdem weitere Farbfilteroptionen hinzugefügt. Spieler können zwischen Schwarz und Weiß, Game Boy-Grün, Game Boy-Taschengrün und Game Boy-Hellblau wählen.