Superflys Plan der erzwungenen, unnatürlichen Selektion ist nicht nur dem Ziel von Magneto in „X-Men“ aus dem Jahr 2000 sehr ähnlich, sondern erinnert auch an „X-Men“-Comics im Allgemeinen und offenbart die allgemeine subtextuelle Schuld von TMNT gegenüber Marvels eigenen Mutanten. Ironischerweise sind die Schildkröten große Fans des Marvel Cinematic Universe (das MCU hat noch keine Mutanten in ihre Filme eingeführt), und es ist teilweise ihrem angeborenen Sinn für Empathie und Gerechtigkeit zu verdanken, dass sie beschließen, zu versuchen, Superfly zu stoppen, obwohl sie sich in seine und ihre einfühlen Wünsche anderer Mutanten.
Bedauerlicherweise scheitern die Schildkröten nicht nur bei ihrem Versuch, die anderen Mutanten aufzuhalten, sondern werden am Ende auch von Cynthia Utrom und ihrem TCRI-Trupp gefangen genommen. Einer der großartigen Running Gags des Films ist, dass Splinter darauf besteht, dass Menschen die Schildkröten fangen und melken wollen, eine Behauptung, bei der die Schildkröten regelmäßig die Augen verdrehen. Zu ihrer Bestürzung stellt sich heraus, dass Splinter mehr Recht hatte, als er wusste, als Utrom die Schildkröten an eine Melkmaschine (so heißt sie im wahrsten Sinne des Wortes) anschließt, um ihr mutagenhaltiges Blut für die Herstellung einer Mutantenarmee zu gewinnen .
Glücklicherweise erhält Meister Splinter im April einen Hinweis auf die Notlage der Schildkröten und die Ninja-Ratte rettet seine Söhne vor weiterem böswilligen Melken. Hier kommen einige der Änderungen zum Tragen, die „Mutant Mayhem“ am Erbe der Turtles vornimmt. So wie Eastman und Laird populäre Comics ihrer Zeit zu einem berauschenden Eintopf vermischten, lässt „Mutant Mayhem“-Regisseur Jeff Rowe die zahlreichen Anspielungen auf die Popkultur des Films als Ausgangspunkt für die Geschichte zu und legt nicht nur Charakter und Ton fest, sondern geht sogar so weit, dass er live mischt -Action-Quellenmaterial mit der Animation des Films. Hier ist Splinter kein ehemaliger Meister der menschlichen Kampfkünste, sondern eine ehemalige Ratte, die durch Kung-Fu-Actionfilme gelernt hat, Kampfkünste auszuführen und zu lehren. Somit zeigen Splinter, die Schildkröten und die anderen Mutanten eine tiefe Verehrung der menschlichen Kultur, was es ihnen leichter macht zu akzeptieren, dass Menschen trotz ihrer möglichen Vorurteile nicht unbedingt der Feind sind.