Bis wir Ahsoka Tano in der Ära der Neuen Republik treffen, die fünf Jahre später spielt Die Rückkehr des Jedi, der Jedi-Orden gibt es nicht mehr und die wenigen verbliebenen Jedi sind über die ganze Galaxie verstreut. Wie gezeigt in Rache der SithAm Ende der Klonkriege löschte Befehl 66 systematisch die meisten Jedi aus, und die wenigen Überlebenden wurden gezwungen, sich zu verstecken, wurden zu kaiserlichen Inquisitoren, wurden Söldner oder schlossen sich der Rebellion an. Doch obwohl dieses Ereignis Ahsoka Tanos Leben und ihren weiteren Weg als Machtträgerin stark beeinflusste, war es nicht der Auslöser, der sie vom Jedi-Orden und ihrem Meister Anakin Skywalker abwandte.
Die letzten vier Folgen von Star Wars: Die Klonkriege In der fünften Staffel geht es um die Untersuchung eines Bombenanschlags auf den Jedi-Tempel auf Coruscant. Die Ermittlungen werden von Ahsoka und Anakin geleitet. Die beiden befanden sich zum Zeitpunkt des Angriffs außerhalb des Planeten und waren daher zumindest laut Yoda am unwahrscheinlichsten daran beteiligt. Im Laufe der Ermittlungen tauchen jedoch genügend Indizienbeweise auf, um Ahsoka das Verbrechen anzulasten.
Ahsoka taucht unter und versucht, genügend Beweise zu finden, um ihren Namen reinzuwaschen, doch als sie schließlich gefangen genommen wird, wird der republikanische Admiral Tarkin (ja, Das Tarkin besteht darauf, dass sie als Zivilistin vor ein Militärgericht gestellt wird und nicht von den Jedi. Der Jedi-Rat kommt dieser Bitte nach, entzieht Ahsoka ihren Padawan-Status und wirft sie ohne langes Zögern aus dem Orden. Es gibt einige, wie Anakin, Obi-Wan Kenobi, Plo Koon, Ki-Adi-Mundi und Saesee Tiin, die während der ganzen Tortur auf Ahsokas Seite bleiben, aber der Großteil des Ordens lässt sie effektiv im Stich.
Ahsokas Name wird schließlich von Anakin reingesprochen, der herausfindet, dass der Padawan Barriss Offee für den Bombenanschlag verantwortlich ist. Obwohl Ahsoka sie für eine enge Freundin hielt, war Barriss von den Jedi desillusioniert und glaubte, dass sie sich eher zu Kriegstreibern als zu Friedenstruppen entwickelt hatten. Ahsoka ist befreit, aber der Schaden ist bereits angerichtet.