Dies alles geschieht in den letzten vier Episoden von Die Klonkriege und es ist das erste Mal, dass Ahsoka und Anakin sich sehen, seit sie ihn und den Orden zwei Staffeln zuvor verlassen hat. Anakin freut sich, sie wiederzusehen, aber Ahsokas Abwesenheit hat ihr dabei geholfen, bei ihrer Entscheidung, zu gehen, noch zuversichtlicher geworden zu sein. Sie sieht die Jedi nicht mehr als diese unfehlbaren Helden, und das belastet ihre Wiedervereinigung. Unabhängig davon ist Anakin bestrebt, auf jede erdenkliche Weise zu helfen.
Doch er und Obi-Wan können sich nicht selbst dem Kampf anschließen, nachdem sie von einem Angriff von General Grievous auf Coruscant erfahren und abberufen werden. Die Schlacht von Coruscant ist natürlich dort Rache der Sith beginnt, was bedeutet, dass die Belagerung von Mandalore gleichzeitig mit den Ereignissen von stattfindet Folge III. Während Palpatine in der Hauptstadt seine dunklen Pläne für Anakin ausführt, beendet Ahsoka eine der längsten und gewalttätigsten Kampagnen der Klonkriege, einen entscheidenden Kampf aus der Prequel-Ära, der später allen Beteiligten erneut zu schaffen machen wird.
Obwohl er nicht an ihrer Seite kämpfen kann, besteht Anakin darauf, einige Mitglieder der 501. Legion, darunter Commander Rex, zurückzulassen, um Ahsoka in der bevorstehenden Schlacht zu helfen, weshalb Rex im auftaucht Ahsoka Rückblende. Dies ist auch das letzte Mal, dass Ahsoka und Anakin sich sehen, bevor er sich der dunklen Seite zuwendet und sich in Darth Vader verwandelt. Das Wiedersehen dauert nicht so lange, wie sie es sich erhofft hatten, und sie können sich auch nicht richtig verabschieden, da sie beide losrennen, um ihren jeweiligen Kampf auszufechten.
Die Belagerung ist letztendlich erfolgreich, Maul wird gefangen genommen und Bo-Katan übernimmt die Kontrolle über Mandalore. Während Darth Mauls Duell mit Ahsoka enthüllt er jedoch, dass er eine Zukunftsvision gesehen hat, in der sein ehemaliger Meister Darth Sidious die Kontrolle über die Galaxie übernimmt und Anakin sein neuer Lehrling wird. Er sagt, dass er seine gesamte Übernahme von Mandalore geplant hat, um Anakin und Obi-Wan auf den Planeten zu locken, damit er sie töten und verhindern kann, dass diese Zukunft eintritt. Zuerst weigert sich Ahsoka, ihm zu glauben, doch als sie von Count Dookus Tod durch Anakins Hand und dem Verdacht des Ordens erfährt, dass Palpatine der Sith-Lord hinter den Klonkriegen ist, wird sie das Gefühl nicht los, dass er Recht hatte.
Bo-Katans Sieg bei der Rückeroberung Mandalores ist jedoch nur von kurzer Dauer. Order 66 wird erlassen, als Rex und Ahsoka zu Mauls Prozess zurück nach Coruscant reisen. Ahsoka kann den Inhibitor-Chip entfernen, der Rex dazu bringt, sie töten zu wollen, aber die anderen Truppen der 501. haben nicht so viel Glück. Rex und Ahsoka müssen sich aus ihrem Streifenwagen herauskämpfen und täuschen am Ende ihren Tod vor, bevor sie untertauchen.
Aufgrund der Beteiligung der Republik an der Belagerung gab es immer noch Klontruppen auf Mandalore, als die Macht wieder auf Coruscant überging. Es erklärt, warum das Imperium so schnell die Kontrolle über den Planeten übernehmen konnte. Die Menschen in Mandalore hatten gerade selbst einen spaltenden und gewalttätigen Bürgerkrieg durchgemacht, daher konnten sie der Macht des neu gegründeten Imperiums nicht einfach widerstehen und bereiteten die zukünftigen Ereignisse vor, die sich auf beide Seiten abspielten Rebellenwelche Ahsoka ist im Grunde eine Fortsetzung von und Der Mandalorianerinsbesondere Staffel 3.