Der Times-Artikel wies darauf hin, dass Gilliam immer noch einige erhebliche Probleme mit der Produktion von „12 Monkeys“ hatte. Zum einen gingen Gilliams futuristische animatronische Geräte immer wieder kaputt. Er wollte auch eine verschneite Szene in Baltimore drehen, aber das Wetter war zu warm. Gilliam musste auch bestimmte Szenen neu drehen, um die Kontinuität zu wahren; Die Wahrung der Kontinuität zwischen den zukünftigen Sequenzen und den heutigen Sequenzen brachte viele Filmemacher durcheinander. Trotz allem lieferte Gilliam den Film eine Woche früher und unter dem Budget ab. Es scheint, dass ihm die Produktion von „Baron Münchhausen“ aus dem Jahr 1988 noch zu schaffen machte, die ursprünglich ein Budget von 23,5 Millionen US-Dollar hatte, sich aber schließlich auf gewaltige 46,5 Millionen US-Dollar erhöhte. Darüber hinaus spielte der Film nur 8 Millionen Dollar ein.
Gilliam erholte sich 1991 mit dem emotional entwaffnenden „The Fisher King“ gut, doch die schlechten Erinnerungen an „Münchhausen“ verfolgten ihn.
Gilliam hatte offenbar einen Bewältigungsmechanismus für den Stress, dem er bei „12 Monkeys“ ausgesetzt war. Er ritt gern weit weg vom Set. Leider war dies auch eine Quelle von Stress, da sein Pferd ihn vom Rücken warf und ihn fast niedertrampelte. Gilliam blieb unverletzt, aber es muss eine Verletzung seines Stolzes gewesen sein, Stress durch genau das zu bekommen, was ihn davon heilen sollte.
„12 Monkeys“ wurde schließlich für zwei Oscars nominiert, darunter für den besten Nebendarsteller (Brad Pitt) und die besten Kostüme. Der Film war auch ein Hit und spielte weltweit 168 Millionen Dollar ein. 2015 adaptierte Terry Matalas Gilliams Film in eine viel beachtete Fernsehserie. Gilliam wurde fast niedergetrampelt, aber letztlich ging es ihm gut. Ausnahmsweise schien er einen Film ohne seine übliche Pechsträhne gedreht zu haben.