Naruto X Boruto Ultimate Ninja Storm Connections bietet Spielern die Möglichkeit, mit einer Vielzahl verschiedener Charaktere zu experimentieren. Sie können einen jungen Naruto verwenden oder sich für den Baryon-Modus-Naruto entscheiden, der Feinde auslöschen kann. Die Auswahl ist wirklich endlos. Um die Sache noch spannender zu machen, können Spieler ihren Charakter mit Schmuckstücken und anderen Gegenständen individuell gestalten.