Jim Chee (Kiowa Gordon), ein aufstrebender FBI-Undercover-Agent, gab seine Ambitionen, das Reservat zu verlassen, auf und trat zurück, nachdem er seinen korrupten Chef entlarvt hatte. Nach einer erbitterten Trennung von Manuelito arbeitet Chee nun als Privatdetektiv in Arizona und im Reservat. In der Zwischenzeit haben Joe und Emma die alleinerziehende Teenager-Mutter Sally Growing Thunder (Elva Guerra) willkommen geheißen, die bei ihnen lebt und bei der Erziehung ihres kleinen Kindes hilft.
Wie beginnt Staffel 2?
Im Krankenhaus wird Emma durch eine gewaltige Explosion auf dem Parkplatz verletzt. Dabei kommt der Krebspatient Emerson Charley im Endstadium ums Leben, als er versucht, Zugang zu seinem Auto zu erhalten. Obwohl zunächst angenommen wurde, dass es sich um eine versehentliche Explosion einer Kraftstoffleitung handelte, kommt Leaphorn bei der Untersuchung des Tatorts schnell zu dem Schluss, dass es sich um das Werk einer Bombe handelte. Am anderen Ende der Stadt wird Chee von Rosemary Vines (Jeri Ryan) angeheuert, um eine Kiste zurückzuholen, die sie ihrem wohlhabenden Ehemann BJ (John Diehl) gestohlen hat, einem örtlichen Wirtschaftsmogul, der die Bohrstelle erworben hat, an der Leaphorn nach der Tragödie seinen Sohn verlor.
Chees Suche führt ihn zu einem Wiedersehen mit Leaphorn, wobei die beiden Männer die Kiste in einem abgelegenen Teil der Wüste aufspüren, wo sie von einem Schützen namens Colton Wolf angegriffen werden. Leaphorn identifiziert Wolf als den Attentäter, bevor er entkommt, während er bemerkt, dass Wolf den Inhalt der Kiste verbrannt hat, und ist schockiert, dass die Gürtelschnalle seines verstorbenen Sohnes darin enthalten war. Wolf ermordet Emersons Sohn Tomas Charley (Robert I. Mesa), tötet beinahe Tomas’ Sohn Benny (Jet James Grant) und wird bei einem Attentat auf Chee verwundet, als dieser sich im Krankenhaus von der Schießerei erholt, die er zuvor erschossen hatte . Auf seiner Flucht ermordet Wolf einen Wachmann und einen Polizisten sowie eine Navajo-Frau, die sich um ihn kümmert, ohne sich seiner mörderischen Tendenzen bewusst zu sein.
Als Leaphorn die Bombenanschläge genauer untersucht, erfährt er, dass die Explosion an der Bohrstelle nicht nur das Werk einer ähnlich gefertigten Bombe war, sondern dass Wolf auch der verantwortliche Bomber war. Bei genauerer Betrachtung erkennt Leaphorn, dass Wolf den Bombenanschlag, bei dem sein Sohn ums Leben kam, auf Befehl eines mysteriösen Wohltäters verübt hat. Als Leaphorn Wolf in die Wüste verfolgt, gelingt es ihm, ihn festzunehmen und in Polizeigewahrsam zu bringen. Allerdings bricht er sich dabei schwer das Handgelenk, nachdem er im Rahmen der Verfolgungsjagd eine Schlucht hinuntergesprungen ist.
Im Laufe der Staffel heuert Wolf eine Reihe von Privatdetektiven an, um seine lange verschollene Mutter ausfindig zu machen, und ermordet sie, wenn ihnen das nicht gelingt. Eine Rückblende in Wolfs Kindheit zeigt, wie seine Mutter in einem Gewaltanfall seinen Vater und seine ältere Schwester tötet, bevor der junge Wolf sie selbst tötet. Dies zeigt nicht nur, wie verwirrt Wolf ist und dass er Jahrzehnte später immer noch nach ihr suchen würde, sondern er behält auch in seinen ruhigen Momenten einen metronomähnlichen Rhythmus bei, der zu einem unbeaufsichtigten Metronom im Haus passt, als er entdeckt, dass seine Familie ermordet wurde.
Wer steckt eigentlich hinter den Bombenanschlägen?
Nachdem Wolf auf dem Weg in ein Gefängnis außerhalb des Reservats aus dem Polizeigewahrsam geflohen ist, flieht er zum Haus seines Gönners, bei dem es sich offenbar um BJ Vines handelt. Nachdem Wolf ihm versichert hat, dass ihre Verbindung ein Geheimnis bleibt, exekutiert Vines ihn, um den letzten bekannten Verschwörer zu eliminieren. Vier Jahre zuvor übermittelte Emersons verstorbener Bruder Dylan Vines einen geologischen Bericht, der ergab, dass sich auf dem Grundstück, auf dem sich die Bohrstelle befand, ein Uranerzgang befand. Vines beauftragte Wolf damit, das Gelände zu bombardieren und es wie einen Unfall aussehen zu lassen, um den Wert des Landes drastisch zu senken und ihm den Kauf zu erleichtern, indem er den geologischen Bericht zusammen mit der Gürtelschnalle als verdrehte Trophäe in seiner Box aufbewahrte.