Die Live-Action Scooby Doo wurde mehrfach geändert, wobei das ursprüngliche Ende geändert wurde, um Scrappy-Doo in einen Bösewicht zu verwandeln. Trotz seiner schlechten kritischen Aufnahme, Scooby Doo hat eine Kult-Anhängerschaft unter denen erlangt, die mit der Adaption aufgewachsen sind. Der Film erlitt jedoch mehrere Kürzungen und Story-Änderungen, wobei eine der größten Ergänzungen ein neues Ende war, in dem Scrappy zwei andere Schurkenpläne ersetzte.
Scooby Doo endet damit, dass die Bande das Daemon-Ritus-Ritual stört, nur um herauszufinden, dass Scrappy der böse Mastermind hinter dem Mysterium von Spooky Island ist. Scrappy debütierte 1979 als Scoobys mutiger Neffe und gilt notorisch als Franchise-Fehler. Die Enthüllung, dass er die Live-Action ist Scooby Doo‘s Bösewicht ist eine denkwürdige Wendung, obwohl es eher wie ein Insider-Witz als wie eine logische Entscheidung erscheint.
Der R-Rated-Schnitt von Scooby Doo Wären die Dämonen aus dem Weltraum gekommen, hätte dies in das ursprüngliche Ende des Films hineingespielt. Im Audiokommentar der DVD erinnerten sich der Regisseur und die Produzenten an ihren Wunsch, einen Bösewicht, der mit der Bande verbunden ist, einem „anonymes Ungeheuer.„Abgesehen davon, dass das Testpublikum von Scrappys böser Darstellung nicht begeistert war, was dazu führte, dass zwei Enden gedreht wurden, von denen eines den Luna Ghost/Old Man Smithers (Nicholas Hope) zurückgebracht hätte.
Laut Regisseur Raja Gosnell ist ein früher Entwurf von Scooby Doo zeigte einen ganz anderen Bösewicht, wenn auch einen, der in Kombination mit der Handlung von Daemon Ritus weitaus sinnvoller war. Obwohl er nicht näher darauf einging Scooby Doo Gosnell enthüllte den ursprünglichen Schurkenplan des Films: „Dieses Monster flog vom Himmel herab und er würde die ultimative Macht einsetzen, um die Welt zu beherrschen.“ Dies hätte besser erklären können, warum die Seelen der Spooky Island-Gäste gesammelt wurden, anstatt dass Scrappy sie einfach absorbierte, um sich von einem winzigen Welpen in einen Riesen zu verwandeln. Gosnell dachte, das ursprüngliche Monster sei „wirklich unbefriedigend,” da es der Bande nicht bekannt war und “kam nicht wirklich von irgendwo her“. Dies führte dazu, dass Scrappy wurde Scooby Doo‘s Bösewicht, der mit der Abneigung der Zuschauer gegen den Charakter spielen soll. Dementsprechend machten die Filmemacher Scrappy noch irritierender als sonst, mit einer Rückblende, in der er versuchte, die Kontrolle über Mystery Inc. zu übernehmen und auf Daphne (Sarah Michelle Gellar) zu urinieren. Trotz dieser Änderung in der Charakterisierung war das Testpublikum immer noch nicht sehr erfreut über Scrappys schurkische Wendung.
Als er über den DVD-Kommentar sprach, gab Produzent Richard Suckle zu, dass „Viele Leute, für die wir uns den Film angesehen haben, hatten Bedenken wegen Scrappy.„Obwohl die Eltern wussten, dass Scrappy nicht sehr beliebt war, verstanden sie nicht, warum Scoobys Neffe plötzlich böse war. Eine Erklärung für sein Verhalten wurde hastig hinzugefügt, wobei Produzent Charles Roven enthüllte, dass er geändert wurde zu „fehlgeleitet und tatsächlich von den Kreaturen ausgenutzt.„Die Lösung der Filmemacher bestand jedoch darin, Velma (Linda Cardellini) lediglich erklären zu lassen, dass Scrappy durch die mysteriöse Macht des Daemon Ritus korrumpiert wurde. Diese Idee hätte viel weiter getrieben werden können, um zu zeigen, wie Scrappy von den Dämonen manipuliert und zu einem naiven Bauern gemacht wurde. Dies hätte ihn zu einem sympathischen Bösewicht gemacht, im Gegensatz zu einem gnadenlosen Monster, das von der Mystery Inc.-Bande verabscheut wird. Scooby Doo‘s Filmemacher wussten, dass sich Scrappys Handlungen als kontrovers erweisen könnten, also wurde ein weiteres Ende mit einem anderen Bösewicht als Backup-Plan gedreht.
Old Man Smithers sollte als Zuschauer in der Menge auf Spooky Island auftreten – nur eine von mehreren gelöschten Szenen aus Scooby Doo‘s R-Rated-Schnitt. Bei einem alternativen Ende wäre Smithers jedoch als Bösewicht des Films entlarvt worden. Es ist unklar, wie er in die Haupthandlung einfließen würde, was wenig Sinn macht, da er erwischt wurde Scooby Dooist Eröffnung. Die Verwirrung über die Rolle von Smithers unterstreicht die Schwierigkeit der Filmemacher, den Film fertigzustellen. Neuaufnahmen und mehrfache Schnitte zeigen, dass es keinen klaren Plan für das Ende gab. Rowan Atkinsons Mondavarious wäre beinahe nicht zurückgekehrt, und Gosnell enthüllte Shaggys (Schrei‘s Matthew Lillard) Kuss mit Mary Jane (Isla Fisher) wurde geschnitten, um nicht zu “Scooby vom Sieg isolieren.”