Für viele war diese bewusste Abkehr vom traditionellen Star-Trekking die größte Stärke der Show, und die Fans der Show sind der Meinung, dass die Fähigkeit von DS9, in dunkle Gebiete einzutauchen, sie nur reicher und komplexer gemacht hat.
Die Prämisse der Show war für „Star Trek“ ungewöhnlich intensiv. Der ferne Planet Bajor war mehrere Jahrzehnte lang von den mörderischen, Nazi-ähnlichen Cardassianern besetzt worden. Die Bajoraner hatten sich dank ihrer Widerstandsbemühungen endlich befreit, aber die Regierung ihres Planeten lag in Trümmern. Um Bajors Wiederaufbau zu überwachen, wurde eine nahe gelegene cardassianische Raumstation der Föderation übergeben und mit mehreren Sternenflottenoffizieren besetzt. Commander Sisko (Avery Brooks) musste die Reparatur der Station sicherstellen – die Cardassianer zerstörten viel davon auf dem Weg nach draußen – und mit der bajoranischen Majorin Kira (Nana Visitor) zusammenarbeiten, um zu verhindern, dass ihr Planet in Anarchie zusammenbricht.
Bajor stand in den Nachkriegsjahren kurz davor, eine korrupte Theokratie zu werden, wurde jedoch durch die Tatsache in Schach gehalten, dass Sisko in der Nähe von Bajor ein stabiles Wurmloch entdeckt hatte, das viele der Einheimischen als himmlischen Tempel betrachteten, in dem ihre Gottheiten, The Propheten, gelebt. Tatsächlich lebten körperlose Außerirdische im Wurmloch, und Siskos Kontakt mit ihnen machte ihn zum bajoranischen Abgesandten, in der Tat zu einer heiligen Gestalt.
Im Gegensatz zu früheren Trek-Shows ging es bei „Deep Space Nine“ jedoch um langfristige Pläne. Sisko, Kira und der Rest der enormen Besetzung waren nicht auf einer kurzen, einfachen Mission der einmaligen Diplomatie. Sie könnten den Tag nicht ausstempeln, nachdem sie beispielsweise Hilfsgüter geliefert haben. Bajor zu retten war eine Mission, die viele, viele Jahre dauern würde. Und es gab keine Schiffe, mit denen man wegsegeln konnte.
In der Tat veränderte die stationäre Natur der Serie Treks Ethik.